اردیبهشت ۱۷, ۱۴۰۰

ارزیابی اثرات برخی پپتید های اتصال یابنده به رسپتور Trk Bبر روی رده های سلولی Sk-ov-3 و Ov-car-3- قسمت ۹

Transfer buffer (Towbin transfer buffer)
Tris base 3.03g
Glycine 14.4g
Methanol (100%) 200ml

 

Preparation of solutions:

 

۱٫ Tris-buffered saline (TBS)
۱۰۰ mMTris-HCl, pH 7.5
۰٫۹% NaCl
Stored at 4°C for several months
Adjust pH with NaOH (5 or 10N)
۲٫ Tween 20.TBS (TTBS or TBST)
۰٫۰۵% or 0.1% Tween 20 in TBS
Stored at 4°C for several months
Dilute 1 ml Tween 20 to 0.1% (v.v) final concentration in 1L TBS.

 

آماده کردن کاغذ pvdf

 

برای آماده کردن کاغذ PVDF ابتدا آن را در متانول ۱۰۰% به مدت ۳ دقیقه قرار داده شد و بعد از آن به مدت ۳۰ دقیقه در ترانسفر بافر در Shaker قرار دهیم.

 

جهت دانلود متن کامل پایان نامه به سایت azarim.ir مراجعه نمایید.

 

مرحله بلات کردن

 

سپس۳آنتی بادی اولیه به ترتیب a01386Rabbit Anti-ERK1.2 (Phospho-Thr202.Tyr204)) و a00965Rabbit Anti-Akt (Phospho-Ser473) pAb و a00301 (Rabbit Anti-Akt (Ab-473) pAb; Anti Akt) و a00574(Rabbit Anti-eIF4E (Ab-209) pAb; Anti eIF4E) و a00504  (Anti eIF4E (Phospho-Ser209); Anti-eIF4E ) و p44.42 MAPK (Erk1.2) Antibody که با غلظت ۱۰۰۰٫۱ در PBS را به آن اضافه کرده و به آرامی به مدت ۲۴ ساعت Shaker شد. مجددا سه بار شستشوی ۱۰ دقیقه ای با محلول TPBS انجام شد و سپس آنتی بادی ثانویهGoat Anti-Rabbit IgG Antibody (H&L) [HRP], pAb A00098 به آن افزوده شد و به مدت ۹۰ دقیقه در دمای اتاق shake شد وپس از طی شدن مراحل شستشو، سوبسترای کروموژنECL به آن افزوده شد تا باندها رویت شوند.
فصل سوم
تجزیه و تحلیل و بیان نتایج حاصل از تحقیق
به علت اهمیت گیرنده Trk B در سرطان تخمدان و پروستات هدف در این مطالعه طراحی پپتید هایی با کارایی بالا به منظور مهار این گیرنده می باشد.

 

طراحی کتابخانه پپتیدی

 

به منظور طراحی پپتید های مهاری یک کتابخانه پپتیدی با بهره گرفتن از روش ژنتیک الگوریتم ساخته شد و در نهایت بهترین پپتید های ممکن با توجه به مقدار انرژی در توسط Backrub Score انتخاب شدند و پنج عدد از بهترین پپتید های حاصل که دارای کمترین میزان انرژی می باشند برای مراحل بعدی انتخاب شدند که احتمال فراوانی آنها بالای ۷۰ درصد می باشد که براساس مقادیر نرم افزار R Package احتمال بسیار بالا می باشد و مقایسه و انالیز توالیهای حاصل با توالی سیکلو تراکسین و توالی بهترین پپتید های حاصل از الگوریتم Backrub در در شکل شماره ۱ نشان داده شده است(۱۱۴, ۱۱۵).

شکل ۱ : نتایج حاصل از نرم افزار R . نتایج آنالیز انرژی پپتید های حاصل در نرم افزار R نشان داد که ۵ عدد پپتید که در بالای خط نقطه چین نشان داده شده اند از پایداری بیشتری برخوردارند، که از آنها در این مطالعه استفاده شده است، که این پپتید ها بر اساس احتمال رخداد و پایداری ،که میزان آنها در کنار جدول نشان داده شده است طبقه بندی شده اند.
مقایسه خصوصیات بنیادی پپتید های طراحی شده با بهره گرفتن از نرم افزار های Protparam و Molprobility نشان داده شده است. (جدول ۱)(۱۱۶, ۱۱۷).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

رفتن به نوارابزار

بیرون رفتن

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *